Počátky obce Čejkovice jsou úzce spjaty s řádem templářů, kteří přišli do našich zemí ve 30. letech 13. století. První zmínka o Čejkovicích pochází z podzimu roku 1248. Tehdy do Čejkovic zavítal Oldřich ze Spanheimu, syn korutanského vévody Bernarda. Cílem jeho cesty byla komenda bratří templářského řádu v Čejkovicích. Vydal zde listinu, ve které daroval čejkovickým templářům čtyři statky v Rakvicích. Ke konci 13. století sídlil v Čejkovicích rytíř Ekko, zemský komtur templářského řádu pro Čechy, Moravu a Rakousko.
Ve 14. století získal Čejkovice Jindřich z Lipé. Po odchodu feudálního rodu z Lipé patřily Čejkovice do majetku rodu ze Šternberka, z Kunštátu, ze Zástřizl, z Lomnice a z Víckova. V roce 1540, za dob pánů z Víckova, obnovil český král a moravský markrabě Ferdinand I. trhové a hrdelní právo.
Po stavovském povstání, kterého se na straně moravských pánů účastnil i čejkovický pán Jan Adam z Víckova, přešly darovacím dekretem císaře Ferdinanda II. ze dne 17. ledna 1624 Čejkovice pod správu jezuitského řádu Tovaryšstva Ježíšova. Čejkovice byly za dob jezuitů několikrát vypáleny. Po zrušení řádu roku 1773 přešel majetek do studijního fondu. O deset let později byly Čejkovice koupeny císařem Josefem II. a byly připojeny k hodonínskému panství. Císař Čejkovice navštívil v roku 1785 a na přímluvu starosty zrušil své nařízení o pohřbívání v plátně.
Dne 7. března 1850 se v nedalekém Hodoníně narodil Tomáš Masaryk. Ve svých šesti letech se přestěhoval do Čejkovic, kde žil do svých jedenácti let. Poté odešel na studia do Hustopečí. Na Čejkovice ale nezapomněl. V Čapkových Hovorech se dočteme: „Můj vlastní dětský domov to byly Čejkovice“. Domek, ve kterém mladý Masaryk bydlel, se v Čejkovicích stále nachází a lze jej navštívit.
Během první světové války bojovali občané Čejkovic v legiích (převážně ve francouzských, italských a ruských). Konec války a oslava vzniku samostatnosti ČSR proběhla v Čejkovicích 1. listopadu 1918. Největší událostí roku 1924 se stala návštěva prezidenta Masaryka dne 19. června. O čtyři roky později, 21. října 1928, byl v Čejkovicích odhalen pomník TGM. V září 1938 po vyhlášení mobilizace odjela většina čejkovických záložníků na jižní hranici republiky. Za protektorátu, v roce 1940, byl odstraněn pomník TGM. Začátkem dubna 1945 obcí prošly jednotky Němců, Slováků, Maďarů a Vlasovců, které ustupovaly před Rudou armádou. Obec byla osvobozena 14. dubna ve večerních hodinách. V květnu 1947 došlo k obnovení pomníku TGM, tentokráte na louce před tvrzí.
V roce 1969 se začalo s výstavbou nové školy, která byla dokončena v roce 1975. Škola byla vybavena krytým bazénem a i fyzikální a chemickou laboratoří. Na konci 70. let 20. století dochází k zahájení rekonstrukčních prací na zdevastované tvrzi. V roce 1981 MNV rozhodlo o odstranění sochy TGM, která byla převezena do Hodonína.
Po sametové revoluci byla do Čejkovic navrácena socha TGM. Slavnostní odhalení proběhlo 7. března 1990 před budovou bývalé školy. Spolu se sochou byla iniciována i oprava domku, kde prožil dětství TGM. Domek byl slavnostně otevřen 20. května 1990. Rok 1998 byl rokem 750. výročí první písemné zmínky o Čejkovicích. V témže roce byl obci udělen znak obce.
Více informací nejen o historii Čejkovic se můžete dozvědět z publikace Čejkovice 1248-1998 zpracované kolektivem autorů pod vedením Libora Jana a Václava Štěpánka. V případě zájmu si můžete knihu objednat na ou@cejkovice.cz nebo na Obecním úřadě v Čejkovicích (Čejkovice 1248-1998: 400 Kč + poštovné a balné).